許多 MySQL 程式都有內部變數，可以使用 SET 陳述式在執行階段設定。請參閱 第 15.7.6.1 節，"SET 用於變數賦值的語法" 和 第 7.1.9 節，"使用系統變數"。

大多數這些程式變數也可以在伺服器啟動時設定，方法是使用適用於指定程式選項的相同語法。例如，mysql 有一個 max_allowed_packet 變數，可控制其通訊緩衝區的最大大小。若要將 mysql 的 max_allowed_packet 變數設定為 16MB 的值，請使用下列任一命令

mysql --max_allowed_packet=16777216
mysql --max_allowed_packet=16M

第一個命令以位元組指定值。第二個命令以 MB 指定值。對於採用數值的變數，值可以加上 K、M 或 G 的後綴，以表示 1024、1024² 或 1024³ 的乘數。（例如，當用於設定 max_allowed_packet 時，後綴表示千位元組、百萬位元組或十億位元組的單位。）從 MySQL 8.0.14 開始，後綴也可以是 T、P 和 E，以表示 1024⁴、1024⁵ 或 1024⁶ 的乘數。後綴字母可以是大小寫。

在選項檔案中，變數設定是不帶前導破折號的

[mysql]
max_allowed_packet=16777216

或者

[mysql]
max_allowed_packet=16M

如果您喜歡，選項名稱中的底線可以指定為破折號。下列選項群組是等效的。兩者都將伺服器的金鑰緩衝區大小設定為 512MB

[mysqld]
key_buffer_size=512M

[mysqld]
key-buffer-size=512M

指定值乘數的後綴可以在程式呼叫時設定變數時使用，但不能使用 SET 在執行階段設定值。另一方面，使用 SET，您可以使用運算式為變數賦值，這在伺服器啟動時設定變數時是不成立的。例如，下列各行中的第一行在程式呼叫時是合法的，但第二行則不是

$> mysql --max_allowed_packet=16M
$> mysql --max_allowed_packet=16*1024*1024

相反地，下列各行中的第二行在執行階段是合法的，但第一行則不是

mysql> SET GLOBAL max_allowed_packet=16M;
mysql> SET GLOBAL max_allowed_packet=16*1024*1024;