在 MySQL 伺服器 5.1.23 之前的版本中，可以建立具有非暫時性子 MyISAM 表格的暫時性合併表格。

從 5.1.23 版本開始，MERGE 子表格會透過父表格鎖定。如果父表格是暫時性的，則不會鎖定，因此子表格也不會被鎖定。平行使用 MyISAM 表格會導致它們損毀。

如果您使用 ALTER TABLE 將 MERGE 表格變更為其他儲存引擎，則會遺失與基礎表格的對應。相反地，基礎 MyISAM 表格中的資料列會複製到變更後的表格中，然後該表格會使用指定的儲存引擎。

MERGE 表格的 INSERT_METHOD 表格選項指出要使用哪個基礎 MyISAM 表格來插入到 MERGE 表格中。然而，在至少一個資料列直接插入到 MyISAM 表格之前，該 MyISAM 表格的 AUTO_INCREMENT 表格選項對插入到 MERGE 表格中沒有任何影響。

MERGE 表格無法在整個表格上維持唯一性約束。當您執行 INSERT 時，資料會進入第一個或最後一個 MyISAM 表格（由 INSERT_METHOD 選項決定）。MySQL 確保唯一鍵值在該 MyISAM 表格中保持唯一，但不會在集合中的所有基礎表格中保持唯一。

由於 MERGE 引擎無法在基礎表格集合上強制執行唯一性，因此 REPLACE 無法如預期般運作。以下是兩個主要事實：

類似的考慮因素適用於 INSERT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE。

MERGE 表格不支援分割區。也就是說，您無法分割 MERGE 表格，也不能分割任何 MERGE 表格的基礎 MyISAM 表格。

您不應在任何對應到開啟的 MERGE 表格的表格上使用 ANALYZE TABLE、REPAIR TABLE、OPTIMIZE TABLE、ALTER TABLE、DROP TABLE、沒有 WHERE 子句的 DELETE 或 TRUNCATE TABLE。如果您這樣做，MERGE 表格可能仍然會參照原始表格並產生非預期的結果。為了解決此問題，請確保在執行任何已命名的操作之前，透過發出 FLUSH TABLES 語法來確保沒有 MERGE 表格保持開啟狀態。

非預期的結果包括 MERGE 表格報告表格損毀的可能性。如果在使用基礎 MyISAM 表格執行上述其中一個已命名的操作後發生這種情況，則損毀訊息是假的。為了處理這種情況，請在修改 MyISAM 表格後發出 FLUSH TABLES 語法。

在 Windows 上對 MERGE 表格正在使用的表格執行 DROP TABLE 將無法運作，因為 MERGE 儲存引擎的表格對應會對 MySQL 的上層隱藏。Windows 不允許刪除開啟的檔案，因此您必須先清空所有 MERGE 表格（使用 FLUSH TABLES）或刪除 MERGE 表格，然後才能刪除該表格。

當表格被存取時（例如，作為 SELECT 或 INSERT 語法的一部分），會檢查 MyISAM 表格和 MERGE 表格的定義。檢查會透過比較資料欄順序、類型、大小和相關索引來確保表格的定義和父 MERGE 表格定義相符。如果表格之間存在差異，則會傳回錯誤且語法會失敗。由於這些檢查會在表格開啟時進行，因此對單一表格定義的任何變更，包括資料欄變更、資料欄排序和引擎變更，都會導致語法失敗。

在 MERGE 表格及其底層表格中，索引的順序應該相同。如果您使用 ALTER TABLE 在 MERGE 表格中使用的表格新增 UNIQUE 索引，然後使用 ALTER TABLE 在 MERGE 表格上新增非唯一索引，如果底層表格中已經存在非唯一索引，則這些表格的索引順序會不同。（這是因為 ALTER TABLE 會將 UNIQUE 索引放在非唯一索引之前，以便快速偵測重複鍵。）因此，對具有此類索引的表格進行查詢時，可能會返回非預期的結果。

如果您遇到類似 ERROR 1017 (HY000): Can't find file: 'tbl_name.MRG' (errno: 2) 的錯誤訊息，通常表示某些底層表格未使用 MyISAM 儲存引擎。請確認所有這些表格都是 MyISAM。

MERGE 表格中的最大行數為 2⁶⁴ (~1.844E+19；與 MyISAM 表格相同）。不可能將多個 MyISAM 表格合併到一個單一的 MERGE 表格中，使其擁有的行數超過此限制。

已知目前將具有不同行格式的底層 MyISAM 表格與父 MERGE 表格一起使用會失敗。請參閱 Bug #32364。

當 LOCK TABLES 生效時，您無法變更非暫時性 MERGE 表格的聯合清單。以下操作不會有效

CREATE TABLE m1 ... ENGINE=MRG_MYISAM ...;
LOCK TABLES t1 WRITE, t2 WRITE, m1 WRITE;
ALTER TABLE m1 ... UNION=(t1,t2) ...;

但是，您可以使用暫時性 MERGE 表格來執行此操作。

您無法使用 CREATE ... SELECT 建立 MERGE 表格，無論是作為暫時性 MERGE 表格還是非暫時性 MERGE 表格。例如

CREATE TABLE m1 ... ENGINE=MRG_MYISAM ... SELECT ...;

嘗試執行此操作會產生錯誤：tbl_name 不是 BASE TABLE。

在某些情況下，如果底層表格包含 CHAR 或 BINARY 資料行，則 MERGE 和底層表格之間的 PACK_KEYS 表格選項值不同，會導致非預期的結果。作為一種解決方法，請使用 ALTER TABLE 來確保所有相關表格都具有相同的 PACK_KEYS 值。(Bug #50646)